56個新冠病毒基因組視圖。圖片來源：Martin Krzywinski/SPL

數(shù)百名科學家敦促公開共享新冠病毒基因組數(shù)據(jù)，以幫助分析變異病毒是如何在世界各地傳播的。

2020年1月以來，研究人員在網(wǎng)上發(fā)布了大量的新冠病毒基因組序列。最受歡迎的數(shù)據(jù)共享平臺GISAID擁有超過45萬個病毒基因組，世界衛(wèi)生組織首席科學家Soumya Soumya Swaminathan稱GISAID是大流行的“游戲規(guī)則改變者”。但歐洲生物信息學研究所(EBI)所長Rolf Apweiler認為，GISAID不允許公開分享序列，阻礙了科學家進一步了解新冠病毒和迅速增加的新變種。

Apweiler說：“新冠病毒測序數(shù)據(jù)的公開對于迅速應對人類在很長一段時間內(nèi)面臨的最大健康威脅至關重要?！?/p>

在1月29日發(fā)表的一封信中，Apweiler和其他人呼吁研究人員將他們的基因組數(shù)據(jù)發(fā)布在一個不限制數(shù)據(jù)再分配的三元數(shù)據(jù)庫中：美國的GenBank、EBI的歐洲核苷酸檔案庫和日本的DNA數(shù)據(jù)庫，該組織統(tǒng)稱為國際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫協(xié)作組織(INSDC)。

任何人都可以匿名訪問INSDC的數(shù)據(jù)，并可以隨意使用，但GISAID要求用戶確認身份，并同意在未經(jīng)數(shù)據(jù)提供商許可的情況下不重新發(fā)布網(wǎng)站的基因組。這意味著，以GISAID數(shù)據(jù)為基礎的研究不能發(fā)布完整的數(shù)據(jù)，如創(chuàng)建進化樹、分析新冠病毒變種之間的關系的研究。

這封信說，科學界應該“消除限制有效數(shù)據(jù)共享的障礙”，但是沒有具體提到GISAID。該協(xié)議由500多名科學家簽署，其中包括2020年諾貝爾化學獎得主Emmanuelle Charpentier和英國新冠肺炎基因組學聯(lián)盟負責人Sharon Peacock。

許多與GISAID合作的研究人員認為，GISAID的訪問條款有一個好處：鼓勵猶豫不決的研究人員在網(wǎng)上快速分享數(shù)據(jù)，而不用擔心其他人會在沒有信用的情況下使用這些結果。

新加坡科學技術研究局生物信息學家Sebastian mauer – stroh表示：“這么多實驗室向GISAID提供新冠病毒基因組的原因，正是因為限制公開再分享的數(shù)據(jù)獲取協(xié)議?！彼f，GISAID已經(jīng)與許多實驗室合作，幫助它們共享數(shù)據(jù)。

法國國家衛(wèi)生和醫(yī)學研究所疫苗研究員Marie-Paule Kieny認為：“這個問題不僅與科學有關，還與主權和公平有關?！彼硎?，GISAID對新冠病毒序列數(shù)據(jù)的快速流動具有最大影響，因為儲存序列的科學家可以相信，他們的權利將得到數(shù)據(jù)用戶的尊重。

國際衛(wèi)生部兒童健康研究基金會微生物學家Senjuti Saha表示，她贊賞呼吁開放數(shù)據(jù)，但她擔心這可能會進一步阻止低收入和中等收入國家的研究人員在分析數(shù)據(jù)之前上傳數(shù)據(jù)。

Kieny說：“在我看來，這封信像是來自歐洲和高收入國家的一項倡議，它們沒有充分了解確保資源匱乏國家接受自由分享序列的關鍵需求，以便最大限度地發(fā)揮新冠病毒等病原體測序的公共衛(wèi)生影響?！?/p>

歐洲核苷酸檔案庫負責人Guy Cochrane說，EBI意識到有關數(shù)據(jù)和利益分享的全球問題，并積極參與尋找利益分享機制，以增強南半球國家的能力并保持數(shù)據(jù)的開放。但他說，即使是資源充足的歐洲國家也可以在公開分享數(shù)據(jù)方面做得更多。

來源：中國科學報