研究人員推出了“sci-Space”，這是一種研究空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的新方法，它保持的單細(xì)胞分辨率和空間異質(zhì)性規(guī)模比以前所用的方法要高得多。他們用他們的方法構(gòu)建了小鼠胚胎發(fā)育 14 天時(shí)的全切片單細(xì)胞圖譜。單細(xì)胞 RNA 測(cè)序法在理解生物體和復(fù)雜組織如何發(fā)育方面取得了巨大進(jìn)步。

盡管細(xì)胞的空間構(gòu)建是正常發(fā)育、體內(nèi)平衡和病理生理學(xué)的核心，但許多單細(xì)胞 RNA 測(cè)序方法卻會(huì)失去有價(jià)值的空間信息的環(huán)境背景。那些能保留細(xì)胞間空間背景的信息可能局限于一組特定的基因和/或小面積的組織。為戰(zhàn)勝這些挑戰(zhàn)，Sanjay Sirvatsan 和同事開發(fā)了 sci-Space，這是一種空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法，它在保留單細(xì)胞分辨率的同時(shí)還能在更大的尺度上解析細(xì)胞的空間環(huán)境背景。

Sirvatsan 等人的方法使用的是一種條形碼寡核苷酸（即合成的 DNA 單股短鏈）網(wǎng)格，這些寡核苷酸可以從某載玻片轉(zhuǎn)移到覆蓋的冷凍組織切片的細(xì)胞核內(nèi)。據(jù)作者披露，可用sci-Space 從每張載玻片獲得數(shù)千個(gè)細(xì)胞的空間起源和轉(zhuǎn)錄組。為了展示他們的新技術(shù)，Srivatsan 等人將 sci-Space 應(yīng)用于正在發(fā)育的小鼠胚胎。通過捕獲近 12 萬個(gè)細(xì)胞的空間坐標(biāo)和全部轉(zhuǎn)錄組，作者組裝了發(fā)育第14天的小鼠胚胎全部切片的單細(xì)胞圖譜，揭示了各種類型細(xì)胞（包括正在分化的神經(jīng)元）的基因空間表達(dá)。

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