2022年5月25-27日|計(jì)算生物學(xué)——生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和動(dòng)力學(xué)模擬研討班-肽度TIMEDOO

計(jì)算生物學(xué)是一門典型的交叉學(xué)科,涉及的學(xué)科包括數(shù)學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)、化學(xué)、物理學(xué)、生物學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)等。就整個(gè)學(xué)科的內(nèi)容而論,計(jì)算生物學(xué)最終是以生命科學(xué)中的現(xiàn)象和規(guī)律作為研究對(duì)象,以解決生物學(xué)問(wèn)題為最終目標(biāo),數(shù)學(xué)和計(jì)算機(jī)僅僅是解決問(wèn)題的工具和手段。

計(jì)算生物學(xué)領(lǐng)域的研究進(jìn)展極大地加深了我們對(duì)和疾病密切相關(guān)的分子靶標(biāo)的認(rèn)識(shí)。所有生命過(guò)程的實(shí)現(xiàn)都是相應(yīng)蛋白質(zhì)發(fā)揮相應(yīng)功能實(shí)現(xiàn)的,然而,如何有效地利用基本生物學(xué)信息,還需要我們從分子甚至原子水平上來(lái)掌握生物大分子的三維結(jié)構(gòu)和相關(guān)分子之間(蛋白質(zhì)、核酸、小分子)的相互作用,進(jìn)而針對(duì)疾病靶標(biāo)來(lái)設(shè)計(jì)治療性藥物。

本研討班旨在具體蛋白質(zhì)與相關(guān)分子(蛋白質(zhì)、核酸、小分子)的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),并進(jìn)一步進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)在實(shí)際反應(yīng)體系下的結(jié)構(gòu)特點(diǎn),進(jìn)而為生命現(xiàn)象的解釋及疾病靶標(biāo)的改造提供支撐。

本次研討班分為四個(gè)階段

1、掌握必備的基礎(chǔ)知識(shí)

深刻解讀蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)獲取,蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)展示,相關(guān)軟件安裝和操作等。

2、掌握相關(guān)分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)流程

以實(shí)際操作為例,形象展示蛋白質(zhì)、核酸、小分子結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)流程及三維結(jié)構(gòu)查看,為后續(xù)分子動(dòng)力學(xué)模擬奠定基礎(chǔ)。

3、掌握分子動(dòng)力學(xué)模擬流程

以實(shí)際結(jié)構(gòu)為例,詳細(xì)介紹分子動(dòng)力學(xué)的原理、軟件過(guò)程及后續(xù)結(jié)果分析。

4、基于分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和分子動(dòng)力學(xué)模擬的研究思路

以實(shí)際案例和高分論文為例,講解計(jì)算生物學(xué)研究思路

授課對(duì)象:有計(jì)算生物學(xué)分析需求的或者希望深入了解并掌握分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)及分析工具的研究生、科研工作者。

學(xué)員基礎(chǔ):由于培訓(xùn)具備一定的深度和廣度,我們希望學(xué)員應(yīng)具有學(xué)習(xí)計(jì)算生物學(xué)軟件的興趣、基本的生物、化學(xué)概念和相關(guān)基礎(chǔ)知識(shí)。

電腦要求:64位windows10操作系統(tǒng),運(yùn)行日常程序流暢。

主辦單位:北京市計(jì)算中心有限公司

協(xié)辦單位:

北京市基因測(cè)序與功能分析工程技術(shù)研究中心

云計(jì)算關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓(xùn)基地

北京市大數(shù)據(jù)教學(xué)實(shí)踐基地

舉 辦 地:北京市海淀區(qū)豐賢中路7號(hào)北科產(chǎn)業(yè)3號(hào)樓

課程安排:2022年5月25日-27日(周三–周五) 上午9:30-11:30 下午13:30-17:00

時(shí)間 主題 授課內(nèi)容 備注
第一天 計(jì)算生物學(xué)研究方法及蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)使用 1、計(jì)算生物學(xué)概述
2、生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和動(dòng)力學(xué)模擬研究案例介紹
3、挑選最新Cell. Nature. Science. PNAS等高端雜志論文,進(jìn)行論文思路闡述
理論+實(shí)操
計(jì)算生物學(xué)研究方法及蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)使用 4、PDB文件: 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件詳解
5、PDB數(shù)據(jù)庫(kù): 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的檢索和獲取
理論+實(shí)操
生物分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹與使用 6、VMD:結(jié)構(gòu)可視化軟件操作演練
7、氨基酸突變對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響分析
8、VMD查看分子動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果
9、VMD作圖實(shí)例講解與練習(xí)
理論+實(shí)操
分子動(dòng)力學(xué)模擬原理及軟件實(shí)操 10、NAMD:分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件操作演練; 理論+實(shí)操
第二天 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)原理及軟件實(shí)操 11、同源建模原理介紹
12、Swiss-model: 在線同源建模
13、Modeller: 同源建模軟件操作演練
14、I-TASSER:蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
15、Rosetta:蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和分子對(duì)接
16、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果分析
理論+實(shí)操
其它生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)原理及軟件實(shí)操 17、NDB:核酸結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)及核酸結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
18、Pubchem:化學(xué)小分子結(jié)構(gòu)獲取與預(yù)測(cè)
理論+實(shí)操
第三天 分子動(dòng)力學(xué)模擬原理及軟件實(shí)操 19、Linux常用命令使用和上機(jī)操作
20、Linux環(huán)境下軟件安裝
理論+實(shí)操
分子動(dòng)力學(xué)模擬原理及軟件實(shí)操 21、分子動(dòng)力學(xué)簡(jiǎn)介;21、Gromacs:分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件操作演練(Linux操作系統(tǒng)下)
22、Amber:分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件操作演練(Linux操作系統(tǒng)下)
23、分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算與結(jié)果分析
理論+實(shí)操

注:課程以實(shí)際發(fā)生為準(zhǔn);若調(diào),會(huì)提前通知。

報(bào)名費(fèi)用

注冊(cè)費(fèi):4200元/人(含當(dāng)期聽(tīng)課費(fèi)、資料費(fèi)、證書費(fèi)、考試費(fèi)(如有))。培訓(xùn)期間,食宿自理。

提供當(dāng)期視頻回放以供復(fù)習(xí)使用(羽林學(xué)院平臺(tái))。

開(kāi)具增值稅發(fā)票,提供蓋章通知、結(jié)業(yè)證書等相關(guān)材料。

報(bào)名優(yōu)惠政策

1、3人以上團(tuán)體報(bào)名每人可減少300元;

2、4+1團(tuán)報(bào),可免費(fèi)贈(zèng)送一個(gè)名額;

3、上面優(yōu)惠政策不能同時(shí)享受,只能享受其中一種;

老學(xué)員參加及推薦學(xué)員參加均可額外優(yōu)惠200元。

培訓(xùn)以收到學(xué)員培訓(xùn)費(fèi)為成功報(bào)名,培訓(xùn)座位按收到費(fèi)用先后順序安排。

付費(fèi)方式

現(xiàn)金、支票、銀行轉(zhuǎn)賬、銀行匯款、現(xiàn)場(chǎng)刷卡

單位全稱:北京市計(jì)算中心有限公司

賬號(hào):0200151819100023937

開(kāi)戶銀行:中國(guó)工商銀行股份有限公司北京永豐支行

(匯款信息備注:“生物計(jì)算——您的姓名”,個(gè)人匯款請(qǐng)備注單位名稱)

注:款項(xiàng)支出后,請(qǐng)?zhí)峁└犊罨貓?zhí)給工作人員,方便核實(shí)到賬、開(kāi)具發(fā)票。

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