2023.7.6-7|分子動(dòng)力學(xué)模擬研討班——Amber軟件

2年前發(fā)布在 培訓(xùn)班

分子動(dòng)力學(xué)模擬是分子模擬中最接近實(shí)驗(yàn)條件的模擬方法，能夠從原子層面給出體系的微觀演變過(guò)程，直觀的展示實(shí)驗(yàn)現(xiàn)象發(fā)生的機(jī)理與規(guī)律，促使我們的研究向著更高效、更經(jīng)濟(jì)、更有預(yù)見(jiàn)性的方向發(fā)展。分子動(dòng)力學(xué)可以解決和研究DNA的折疊和性質(zhì)、蛋白與配體的識(shí)別機(jī)制、跨膜蛋白的工作機(jī)理、蛋白酶與底物的反應(yīng)、蛋白與蛋白的耦合、比較野生型與突變蛋白的不同特性、蛋白折疊的機(jī)制問(wèn)題（控制溫度，使蛋白自行折疊和去折疊）等。

本研討班旨在研究對(duì)象模型的獲取與構(gòu)建-體系預(yù)處理、能量?jī)?yōu)化、分子動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果評(píng)估、結(jié)合自由能計(jì)算、相互作用機(jī)理分析、可視化、軌跡特征獲取，并對(duì)經(jīng)典文獻(xiàn)進(jìn)行復(fù)現(xiàn)。

本次研討班分為2個(gè)階段

1.分子動(dòng)力學(xué)模擬的研究思路

以實(shí)際案例和高分論文為例，講解分子動(dòng)力學(xué)模擬研究思路

2.掌握分子動(dòng)力學(xué)模擬流程

以實(shí)際結(jié)構(gòu)為例，詳細(xì)介紹分子動(dòng)力學(xué)的原理、軟件過(guò)程及后續(xù)結(jié)果分析。

主辦單位：北京市計(jì)算中心有限公司

協(xié)辦單位：

北京市基因測(cè)序與功能分析工程技術(shù)研究中心

云計(jì)算關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓(xùn)基地

北京市大數(shù)據(jù)教學(xué)實(shí)踐基地

舉辦地：北京市海淀區(qū)豐賢中路7號(hào)北科產(chǎn)業(yè)3號(hào)樓

課程安排：2023年7月6-7日（周四-周五）?上9:30-11:30 下13:30-17:00

日期	主題	內(nèi)容	備注
第一天	分子動(dòng)力學(xué)模擬簡(jiǎn)介	1.?分子模擬的發(fā)展歷史 2.?分子模擬的優(yōu)勢(shì)和局限 3.?分子動(dòng)力學(xué)基本原理	理論+ 操作
	Linux基礎(chǔ)	1.?Linux服務(wù)器連接 2.?數(shù)據(jù)傳輸 3.?Linux常用命令
	動(dòng)力學(xué)模擬預(yù)備知識(shí)	1.?Amber軟件介紹 2.?Amber力場(chǎng)介紹 3.?拓?fù)湮募?、坐?biāo)文件介紹 4.?模擬條件介紹 1)?系綜（ensemble）選擇 2)?約束條件設(shè)置 3)?參數(shù)配置
	研究模型預(yù)處理	1.?模型文件的預(yù)處理 2.?結(jié)構(gòu)文件來(lái)源介紹 3.?tleap模塊的介紹和使用 1)?蛋白預(yù)處理 2)?小分子預(yù)處理 3)?溶劑化模型的構(gòu)建方法 4)?生成amber識(shí)別的prmtop和inpcrd輸入文件
第二天	分子動(dòng)力學(xué)模擬流程	1.?動(dòng)力學(xué)模擬參數(shù)文件的介紹 2.?能量?jī)?yōu)化 3.?升溫 4.?平衡 5.?動(dòng)力學(xué)成品模擬	理論+ 操作
	分子動(dòng)力模擬結(jié)果分析	1.?Amber軌跡文件處理 1)?軌跡合并 2)?采樣、重設(shè)時(shí)間、截取部分原子、刪除水和離子、成像居中和構(gòu)象疊合 2.?結(jié)合自由能計(jì)算 3.?Amber軌跡分析 1)?RMSD分析 2)?RMSF分析 3)?B因子分析 4)?氫鍵分析 5)?回轉(zhuǎn)半徑分析	理論+ 操作
	生物分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹與使用	1.?VMD：結(jié)構(gòu)可視化軟件操作演練 2.?VMD查看分子動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果 3.?VMD作圖實(shí)例講解與練習(xí)	理論+ 操作