【九月中|天津】計算機輔助藥物設(shè)計與分子動力學模擬應(yīng)用實踐班（2023.9.13-17）-肽度TIMEDOO
從20世紀90年代開始，藥物設(shè)計進入新的階段，即理性藥物設(shè)計。計算機輔助藥物設(shè)計（CADD）是基于各種分子模擬技術(shù)以及數(shù)理統(tǒng)計的方法，通過準確快速的計算蛋白質(zhì)或者核酸受體的結(jié)構(gòu)、小分子配體的構(gòu)象、酶和抑制劑相互作用構(gòu)象等，可以提高藥物設(shè)計的準確性和命中率，降低研發(fā)成本，縮短研發(fā)周期。在新冠肺炎疫情抗擊戰(zhàn)中，計算機輔助藥物設(shè)計也為抗病毒藥物的研發(fā)貢獻了關(guān)鍵的力量。

課程總目標：

1、通過系統(tǒng)性學習，掌握CADD在理性藥物設(shè)計中的應(yīng)用。

2、通過十余個主題的學習，帶您逐步掌握計算輔助藥物設(shè)計主要的研究方法：蛋白、核酸和小分子結(jié)構(gòu)的獲取、化合物的ADMET性質(zhì)預測、蛋白結(jié)構(gòu)分析、蛋白結(jié)構(gòu)預測、虛擬篩選、分子對接（半柔性、柔性對接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽等）、蛋白保守序列分析、蛋白氨基酸突變對蛋白結(jié)構(gòu)和功能的影響、分子動力學模擬軟件Amber和Gromacs的使用與分子動力學模擬結(jié)果分析。

課程通過理論結(jié)合實例講解并自主練習，達到即學即用效果，幫助學員系統(tǒng)性掌握計算機輔助藥物設(shè)計技術(shù)，助力學術(shù)研究。

主辦單位：北京市計算中心有限公司

舉 辦 地：天津
課程安排：2023年9月13-17日（周三-周日）??上9:30-11:30 ?下13:30-17:00
日期 主題 內(nèi)容 備注
第一天 CADD理論與分子動力學模擬概述 1. 計算機輔助藥物設(shè)計的概念以及方法概述

2. 計算機輔助藥物設(shè)計經(jīng)典論文講解

3. 生物分子相互作用研究方法概述

4. 計算生物學概述

5. 分子動力學簡介

5.1 分子力場的介紹

5.2 分子力場的原理

5.3 分子力場的分類及應(yīng)用

6. 挑選最新論文，進行論文思路闡述

 理論
分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹 7. Uniport數(shù)據(jù)庫介紹

8. PDB：蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹

8.1 PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的介紹

8.2 PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)可獲取的資源

8.3 蛋白的結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及下載

9. PDB文件：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件詳解

9.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件可視化

9.2 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件原子坐標解讀

10. AlphaFold Protein Structure Database介紹

11. Pubchem：化學小分子結(jié)構(gòu)獲取

11.1 Pubchem數(shù)據(jù)庫簡介

11.2 Pubchem數(shù)據(jù)庫小分子結(jié)構(gòu)查詢

11.3 Pubchem數(shù)據(jù)庫批量下載方法介紹

12. ZINC：虛擬篩選小分子數(shù)據(jù)庫介紹與應(yīng)用

12.1 ZINC數(shù)據(jù)庫介紹

12.2 ZINC數(shù)據(jù)庫小分子批量下載方法介紹

13. 候選化合物ADMET性質(zhì)預測

 理論+

操作
第二天 分子結(jié)構(gòu)可視化軟件簡介 14. PyMOL分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹

15. Chemoffice軟件安裝與介紹

 理論+

操作
蛋白質(zhì)和小分子對接實戰(zhàn) 16. Autodock軟件原理及功能介紹

16.1 小分子配體結(jié)構(gòu)處理

16.2 蛋白受體結(jié)構(gòu)優(yōu)化和處理

16.3?蛋白受體格點計算

17. Autodock vina軟件原理及功能介紹

18. 分子對接和對接結(jié)果分析

18.1 半柔性對接計算

18.2 柔性對接計算

18.3 對接結(jié)果分析

18.4 最優(yōu)對接構(gòu)象的選擇

19. DS軟件進行對接結(jié)果分析

20. 實例講解與練習：HIV-對接

 理論+

操作
虛擬篩選演示與實戰(zhàn) 21. Linux基礎(chǔ)

21.1 Linux服務(wù)器連接

21.2 數(shù)據(jù)傳輸

21.3 Linux常用命令

22. 基于高性能計算集群的藥物虛擬篩選

23. 高性能計算虛擬篩選操作演示

24. 虛擬篩選結(jié)果分析

 理論+

操作
第三天 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測原理及軟件實戰(zhàn) 25. 核酸二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)預測

26. 同源建模原理介紹

27. Swiss-model：在線同源建模

27.1 同源蛋白的搜索

27.2?蛋白序列比對

27.3?蛋白模板選擇

27.4 蛋白模型構(gòu)建

27.5?蛋白模型評價

27.6?蛋白模型優(yōu)化

28.?I-TASSER：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測

29.?Rosetta：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測

 理論+

操作
生物大分子對接實戰(zhàn) 30.?大分子對接原理及應(yīng)用介紹

31.?z-dock軟件介紹與使用

32.?Rosetta軟件介紹與使用

33.?其他生物大分子對接在線工具的介紹與使用

34.?蛋白-蛋白對接結(jié)果分析與解讀

 理論+

操作
分子結(jié)構(gòu)可視化軟件SCI繪圖實戰(zhàn) 35.?PyMOL軟件高質(zhì)量論文繪圖實操

35.1 蛋白-多肽相互作用分析圖解

35.2 蛋白-小分子相互作用分析圖解

35.3 蛋白-蛋白相互作用分析圖解

36. PyMOL動畫制作

 理論+

操作
第四天 蛋白氨基酸突變對蛋白的影響 37. 蛋白保守性氨基酸序列分析及可視化

38. 氨基酸突變對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響分析

 理論+

操作
分子動力學模擬原理及軟件實戰(zhàn) 39.?模擬體系的構(gòu)建方法介紹

40.?Amber：結(jié)合實例講解分子動力學模擬軟件操作演練

41.?Gromacs：結(jié)合實例講解分子動力學模擬軟件操作演練

42.?分子動力學計算與結(jié)果分析

42.1 結(jié)合自由能的計算分析

42.2 軌跡文件常見分析：RMSD、RMSF、回旋半徑等

 理論+

操作
生物分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹與使用 43.?VMD：結(jié)構(gòu)可視化軟件操作演練

44.?VMD查看分子動力學模擬結(jié)果

45.?VMD作圖實例講解與練習

 理論+

操作
第五天 上午：對前4天所學，進行知識匯總，交流討論

注：內(nèi)容以實際發(fā)生為準；若調(diào)，會提前通知。

部分案列圖示：

【九月中|天津】計算機輔助藥物設(shè)計與分子動力學模擬應(yīng)用實踐班（2023.9.13-17）-肽度TIMEDOO

報班福利：

1、報名繳費后提供課前預習資料包；

2、進入預習群，由上課老師親自解答預習期間遇到的問題。

預習資料包

1、動力學模擬文件夾

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2、分子對接文件夾

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3、分子動力學模擬技術(shù)文檔

4、分子對接技術(shù)文檔

攜帶電腦：各位學員聽課請自備筆記本電腦（Windows 64位系統(tǒng)，推薦win10及win11）；若只能攜帶蘋果電腦，請?zhí)崆白孕邪惭b好所需軟件。

【報名費用】

注冊費：5600元/人（含當期聽課費、資料費、證書費、考試費（如有））。

提供當期視頻回放以供復習使用（羽林學院平臺）。
開具增值稅發(fā)票，提供蓋章通知、結(jié)業(yè)證書等相關(guān)材料。

【報名優(yōu)惠政策】

1、3人以上團體報名每人可減少300元；

2、4+1團報，可免費贈送一個名額；

3、上面優(yōu)惠政策不能同時享受，只能享受其中一種；

老學員參加及推薦學員參加均可額外優(yōu)惠200元。

【咨詢請聯(lián)系】

微信：vicolee2021
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【注】開始前一周會發(fā)送郵件通知；若未接到郵件通知，請電話咨詢。