2024.4.1-3·高通量、海潛力：轉(zhuǎn)錄組學(xué)專題實戰(zhàn)班

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2024.4.1-3·高通量、海潛力：轉(zhuǎn)錄組學(xué)專題實戰(zhàn)班-肽度TIMEDOO

近年來，隨著高通量測序技術(shù)的迅猛發(fā)展，轉(zhuǎn)錄組研究從以前的微陣列技術(shù)，SAGE及MPSS技術(shù)的低通量模式切換至RNA-seq的高通量模式。轉(zhuǎn)錄組學(xué)作為一個伴隨高通量測序技術(shù)率先發(fā)展起來的技術(shù)開始在生物學(xué)前沿研究中得到了廣泛的應(yīng)用。RNA-seq對于真核生物的基因表達(dá)調(diào)控，癌癥等疾病的發(fā)生機制和新治療方案確定，遺傳育種等眾多方面的研究具有不可估量的潛力。為了輔助廣大科研工作者掌握轉(zhuǎn)錄組高通量測序技術(shù)原理、實驗設(shè)計以及后期數(shù)據(jù)分析技能，舉辦“轉(zhuǎn)錄組學(xué)”專題實戰(zhàn)班。

主辦單位：北京市計算中心有限公司

協(xié)辦單位：

北京市基因測序與功能分析工程技術(shù)研究中心

云計算關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用北京市重點實驗室

工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓(xùn)基地

北京市大數(shù)據(jù)教學(xué)實踐基地

舉辦地：北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產(chǎn)業(yè)3號樓

課程安排：2024年4月1-3日（周一-周三）??上9:30-11:30 下13:30-17:00

日期	主題	內(nèi)容	備注
第一天	轉(zhuǎn)錄組學(xué)前沿概述及測序原理	1.轉(zhuǎn)錄組技術(shù)發(fā)展前沿動態(tài) 2.轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用案例及應(yīng)用熱點 3.常用的轉(zhuǎn)錄組實驗設(shè)計及測序建庫技術(shù) 4.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù) 5.轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程及技術(shù)細(xì)節(jié)	理論
第一天	Linux服務(wù)器使用入門	1.掌握Linux系統(tǒng)下的常用命令（重點講解） 2.掌握Linux環(huán)境下軟件的安裝使用 3.了解Shell腳本的編寫	上機操作
第二天	轉(zhuǎn)錄組分析方法	1.差異表達(dá)基因的功能分析（重點講解）	理論
	De novo轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析上機實踐	1.原始測序數(shù)據(jù)的檢測和預(yù)處理（重點講解） 2.使用Trinity拼接轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（重點講解） 3.原始數(shù)據(jù)與拼接轉(zhuǎn)錄本的比對（重點講解） 4.表達(dá)量統(tǒng)計和差異表達(dá)分析（重點講解） 5.使用blast對轉(zhuǎn)錄本進行功能注釋（重點講解） 6.尋找轉(zhuǎn)錄本的ORF，翻譯蛋白質(zhì)序列 7.轉(zhuǎn)錄因子注釋	上機操作
	Reference based轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析上機實踐（一）	1.轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)準(zhǔn)備和軟件介紹 2.使用HISAT進行轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的比對（重點講解） 3.用IGV查看比對結(jié)果 4.使用cufflinks進行表達(dá)量估計和分析（重點講解） 5.使用samtools檢測轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的突變（重點講解）	上機操作
第三天	Reference based轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析	1.lncRNA的定義、應(yīng)用和發(fā)展 2.lncRNA的生物學(xué)過程 3.lncRNA研究的實驗設(shè)計及測序原理 4.lncRNA測序分析結(jié)果解讀	理論
	Reference based轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析上機實踐（二）	1.利用tophat和cufflinks組合，預(yù)測轉(zhuǎn)錄本 2.使用CNCI預(yù)測新的lncRNA轉(zhuǎn)錄本（重點講解） 3.使用LncTar軟件預(yù)測lncRNA調(diào)控的靶基因（重點講解）	理論+ 上機操作
	microRNA測序與數(shù)據(jù)分析	1.microRNA的定義、應(yīng)用和發(fā)展 2.microRNA的生物學(xué)過程 3.microRNA研究的實驗設(shè)計及測序原理	理論
	microRNA測序與數(shù)據(jù)分析（包含上機實踐）	1.microRNA測序數(shù)據(jù)分析軟件（重點講解） 2.microRNA測序數(shù)據(jù)預(yù)處理（重點講解） 3.microRNA的預(yù)測（重點講解） 4.microRNA靶標(biāo)基因預(yù)測，結(jié)果提取、統(tǒng)計（重點講解）	理論+ 上機操作