深圳國家基因庫成為全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織（GISAID）的中國首個正式授權(quán)機(jī)構(gòu)
3月11日，世界衛(wèi)生組織（WHO） 宣布2019冠狀病毒?。–OVID-19）具有全球大流行特征。3月16日，深圳國家基因庫（以下簡稱為國家基因庫）與全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織（GISAID）達(dá)成戰(zhàn)略性合作。國家基因庫生命大數(shù)據(jù)平臺（CNGBdb）成為GISAID的中國首個正式授權(quán)平臺。2008年建立的GISAID是目前全球最大的流感及新型冠狀病毒數(shù)據(jù)平臺。中國在抗擊嚴(yán)重急性呼吸綜合征（SARS）、甲型HIN1流感、人感染H7N9禽流感、COVID-19等疫情中發(fā)揮了重要作用。目前世界各地的研究團(tuán)隊正共同努力、積極開展新型冠狀病毒的相關(guān)研究，包括病毒的自然史、流行病學(xué)、疫苗、診斷試劑、治療工具等。
本次戰(zhàn)略合作將幫助我國科研工作者獲得一站式病毒數(shù)據(jù)資源訪問服務(wù)和更加豐富的分析工具，也標(biāo)志著我國科研機(jī)構(gòu)在合規(guī)合法、保護(hù)數(shù)據(jù)生產(chǎn)者和提交者權(quán)利的前提下，促進(jìn)全球范圍新型冠狀病毒及流感數(shù)據(jù)共享方面邁出重要一步。
疫情的科學(xué)防治需要病毒數(shù)據(jù)全球共享
近年來全球范圍內(nèi)病毒引起的呼吸道傳染病頻發(fā)，其中2009年甲型H1N1流感導(dǎo)致約15.17萬~57.55萬人死亡，2019年COVID-19持續(xù)威脅著人類健康。3月11日，WHO宣布COVID-19已具有全球大流行（Pandemic）特征。截至北京時間3月14日17時，除中國以外的135個國家和地區(qū)報告了COVID-19確診病例61518例，其中死亡2199例。截至3月13日，美國國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）文獻(xiàn)庫收錄的各類新型冠狀病毒的研究文章已達(dá)800+篇，中國臨床試驗注冊中心網(wǎng)站新型冠狀病毒肺炎臨床研究索引顯示的注冊實驗已有393項。
國家基因庫攜手GISAID
共促病毒數(shù)據(jù)全球共享
全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織（GISAID）倡導(dǎo)的數(shù)據(jù)共享機(jī)制在維護(hù)全球公共安全方面發(fā)揮著重要作用，通過幾乎實時的監(jiān)測，可快速應(yīng)對和緩解季節(jié)性流感和全球大流行性流感，以及目前的新型冠狀病毒全球大流行。GISAID的數(shù)據(jù)來源于全球14000名研究人員和1500個機(jī)構(gòu)，其獨(dú)特的數(shù)據(jù)共享機(jī)制可以促進(jìn)相關(guān)研究取得快速進(jìn)展，例如推動對COVID-19的認(rèn)知和相關(guān)醫(yī)療對策的研發(fā)。GISAID針對新型冠狀病毒開發(fā)的EpiCoV?數(shù)據(jù)庫，目前已收錄656條新型冠狀病毒序列數(shù)據(jù)（截至3月13日），已超越傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)平臺。同時，傳統(tǒng)數(shù)據(jù)平臺（比如公有領(lǐng)域的數(shù)據(jù)庫）因允許匿名訪問而導(dǎo)致數(shù)據(jù)所有者權(quán)益不受保護(hù)、數(shù)據(jù)使用不透明的問題，在GISAID的數(shù)據(jù)共享機(jī)制中不復(fù)存在。CNGBdb-GISAID 鏡像庫
深圳國家基因庫（China National GeneBank，CNGB）是我國首個國家級綜合性基因庫，也是國家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施之一。2011年由國家發(fā)展改革委員會、財政部、工業(yè)和信息化部、衛(wèi)生健康委員會（原衛(wèi)生部）四部委批復(fù)建設(shè)，并在以國家發(fā)展改革委員會和深圳市政府為聯(lián)合理事長單位的理事會指導(dǎo)下，搭建起貫穿遺傳資源“存（生物樣本資源庫、動植物資源活體庫、生物信息數(shù)據(jù)庫）、讀（數(shù)字化平臺）、寫（基因合成與編輯平臺）”能力的公益性、開放性、引領(lǐng)性、戰(zhàn)略性科技平臺。在生命科學(xué)步入大數(shù)據(jù)時代的背景下，國家基因庫生命大數(shù)據(jù)平臺（CNGBdb）作為國內(nèi)最大的生物大數(shù)據(jù)中心之一，匯集了國家基因庫及全球其他重要數(shù)據(jù)源的公開數(shù)據(jù)，同時提供可信共享計算平臺等多種應(yīng)用工具，致力于為科研工作者提供生物大數(shù)據(jù)共享和應(yīng)用服務(wù)。在本次新型冠狀病毒疫情中，CNGBdb平臺已經(jīng)匯總了國家基因庫歸檔及NCBI的病毒序列數(shù)據(jù)資源159條（截至3月13日），助力研究人員快速發(fā)現(xiàn)、檢索和分析病毒。
CNGBdb作為GISAID正式授權(quán)平臺，秉承GISAID數(shù)據(jù)共享理念，維護(hù)數(shù)據(jù)生產(chǎn)者和數(shù)據(jù)提交者的權(quán)利，為國內(nèi)科技成果發(fā)布搭建便捷通道，并與GISAID共同推進(jìn)全球病毒基因組序列和相關(guān)信息資源可信共享機(jī)制的建設(shè)。
全新數(shù)據(jù)服務(wù)體驗
助力呼吸道傳染病研究
一站式獲取最全面數(shù)據(jù)信息
CNGBdb為用戶提供一站式數(shù)據(jù)訪問服務(wù)，將包括GISAID、NCBI和CNGB的病毒數(shù)據(jù)，并保持同步更新。即日起，用戶可登陸CNGBdb病毒數(shù)據(jù)庫（點(diǎn)擊閱讀原文立即訪問）查看/下載新型冠狀病毒數(shù)據(jù)信息。CNGBdb設(shè)立GISAID“鏡像站”（https://db.cngb.org/gisaid/），以中英文兩種語言為國內(nèi)用戶提供便捷的GISAID訪問通道，全面提升訪問及數(shù)據(jù)下載速度。
CNGBdb 基于GISAID使用的Nextstrain（實時可視化工具）開發(fā)上線了針對新冠病毒基因組的多方安全聯(lián)合計算工具，推動病毒基因組數(shù)據(jù)共享，追蹤病毒演化，監(jiān)測新型突變。國家基因庫長期致力于建立生命資源的全球性合作網(wǎng)絡(luò)，本次與GISAID的合作，將進(jìn)一步推進(jìn)全球生命大數(shù)據(jù)資源可信共享機(jī)制的建設(shè)，為各國共同應(yīng)對全球健康挑戰(zhàn)、共建人類命運(yùn)共同體做出貢獻(xiàn)。2.《柳葉刀-傳染病》:甲型H1N1流感致死人數(shù)遠(yuǎn)高此前估計[J]. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展, 2012, 12(32):I0002-I0002.3.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/
4.http://www.chictr.org.cn/index.aspx
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