長(zhǎng)非編碼RNA（long non-coding RNAs）是一類(lèi)長(zhǎng)度大于200 nt的非編碼RNA。已有研究表明，長(zhǎng)非編碼RNA具有重要的調(diào)控功能，在植物和動(dòng)物的生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮重要作用。此外，lncRNA還與人類(lèi)一些疾病的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。因此，對(duì)lncRNA的注釋、探索lncRNA的功能具有重要意義。近年來(lái)，一些研究集中于lncRNA功能的探索，但綜合全面的lncRNA的注釋仍需不斷更新維護(hù)。

NONCODE數(shù)據(jù)庫(kù)于2005年創(chuàng)建，受到Science專(zhuān)文推薦，由中國(guó)科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所、生物物理研究所團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期維護(hù)；2013年，受邀以專(zhuān)家數(shù)據(jù)庫(kù)加入國(guó)際RNA聯(lián)盟RNAcentral，數(shù)據(jù)庫(kù)首次提出了非編碼基因的分類(lèi)體系，建立了多項(xiàng)非編碼領(lǐng)域標(biāo)準(zhǔn)，推動(dòng)了長(zhǎng)非編碼RNA的研究發(fā)展。

近期，中科院院士、生物物理所研究員陳潤(rùn)生課題組，生物物理所健康大數(shù)據(jù)研究中心研究員何順民課題組和計(jì)算所研究員趙屹課題組合作，在Nucleic Acids Research上，在線(xiàn)發(fā)表題為NONCODEV6: an updated database dedicated to long non-coding RNA annotation in both animals and plants的研究論文（圖1）。該工作NONCODEV6（http://www.noncode.org/）（圖2）是關(guān)于動(dòng)植物多個(gè)物種的長(zhǎng)非編碼RNA綜合注釋數(shù)據(jù)庫(kù)的升級(jí)，旨在提供關(guān)于動(dòng)植物各個(gè)物種中l(wèi)ncRNA的注釋和分析。

在前期積累的NONCODE版本的基礎(chǔ)上，研究人員通過(guò)關(guān)鍵詞搜索近期發(fā)表文章并手工提取lncRNA及其在組織中的表達(dá)數(shù)據(jù)等信息；對(duì)其相應(yīng)的植物物種、動(dòng)物物種、組織表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行了收集、整理；進(jìn)入NONCODE數(shù)據(jù)庫(kù)更新的流程，進(jìn)行數(shù)據(jù)的過(guò)濾、處理、注釋。NONCODEV6中總共記錄了644,510個(gè)lncRNA。此次新加入的植物物種數(shù)目達(dá)23種，包括常見(jiàn)植物擬南芥、水稻、小麥、玉米等。植物物種的lncRNA注釋包括基本位置信息、序列信息、長(zhǎng)度、外顯子個(gè)數(shù)、組織的表達(dá)量、功能注釋等。同時(shí)，研究人員對(duì)人和小鼠的數(shù)據(jù)進(jìn)行了更新，加入了lncRNA和腫瘤等疾病的關(guān)系注釋?zhuān)狭硕鄠€(gè)lncRNA和腫瘤的數(shù)據(jù)源，提供了一個(gè)關(guān)于腫瘤等疾病和NONCODE數(shù)據(jù)庫(kù)中l(wèi)ncRNA的綜合注釋。

此外，NONCODEV6數(shù)據(jù)庫(kù)提供了一個(gè)用戶(hù)友好的界面，可用于瀏覽各個(gè)物種的長(zhǎng)非編碼RNA的具體情況，包括長(zhǎng)度、序列、位置、功能注釋、保守性注釋等；其還提供了blast功能、功能注釋查詢(xún)、保守性查詢(xún)?？傮w來(lái)說(shuō)，NONCODEV6是一個(gè)業(yè)內(nèi)較認(rèn)可的綜合性lncRNA注釋的知識(shí)庫(kù)，為研究基于lncRNA的在動(dòng)物和植物的相關(guān)注釋提供了重要支撐。

陳潤(rùn)生、何順民、趙屹為論文的共同通訊作者，計(jì)算所博士研究生趙連鶴、生物物理所健康大數(shù)據(jù)研究中心博士研究生王佳佳和李燕燕為論文的并列第一作者。研究工作得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金、中科院戰(zhàn)略重點(diǎn)研究項(xiàng)目等的支持。

論文鏈接

圖1.NONCODEV6在線(xiàn)發(fā)表

圖2.NONCODEV6數(shù)據(jù)庫(kù)

來(lái)源：中科院