2021年9月23日，北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院李磊研究員課題組與合作者在Nucleic Acids Research在線發(fā)表了題為“PmiREN2.0: from data annotation to functional exploration of plant microRNAs”的研究論文。該論文介紹了植物microRNA綜合數(shù)據(jù)庫(kù)PmiREN的最新版本。

MicroRNA是真核生物中普遍存在的一類具有基因調(diào)控功能的內(nèi)源小RNA。植物的microRNA在生長(zhǎng)發(fā)育中發(fā)揮重要功能，影響器官發(fā)育、形態(tài)建成、環(huán)境適應(yīng)等重要生物學(xué)過(guò)程，日益成為作物分子育種的重要基因資源。得益于測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，關(guān)于植物microRNA的數(shù)據(jù)與日俱增。為系統(tǒng)權(quán)威地提供植物microRNA的注釋信息，課題組以統(tǒng)一流程和標(biāo)準(zhǔn)對(duì)植物深度測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行了microRNA鑒定和信息整合，建立了一個(gè)綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)，命名為植物microRNA百科全書（Plant microRNA Encyclopedia，http://www.pmiren.com）。PmiREN1.0于2019年10月發(fā)布，兩年間全球累積訪問(wèn)量超過(guò)16萬(wàn)次。

此次發(fā)布的PmiREN2.0涵蓋179種植物中的39751個(gè)miRNA相關(guān)數(shù)據(jù)，并對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)功能從以下五個(gè)方面進(jìn)行了升級(jí)：1）增加91個(gè)物種的microRNA、靶基因及相關(guān)信息；2）提供8個(gè)工具用于microRNA相關(guān)信息挖掘；3）提供3個(gè)用于microRNA分子遺傳實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)工具；4）構(gòu)建植物microRNA信息交流和共享平臺(tái)；5）UI和網(wǎng)站安全升級(jí)（如下圖）。經(jīng)過(guò)升級(jí)，新版數(shù)據(jù)庫(kù)覆蓋了更為全面的數(shù)據(jù)，同時(shí)也初步實(shí)現(xiàn)了由數(shù)據(jù)整理、分類向更深層次的數(shù)據(jù)挖掘和為用戶提供更多實(shí)踐的功能轉(zhuǎn)變，將有助于推動(dòng)植物microRNA功能與演化的研究，促進(jìn)microRNA基因資源的深入挖掘與應(yīng)用。

PmiREN2.0中新增的數(shù)據(jù)類型與功能模塊

李磊和北京市農(nóng)林科學(xué)院楊效曾研究員為該論文共同通訊作者，北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院博士研究生郭仲龍、北大－清華生命科學(xué)聯(lián)合中心已畢業(yè)博士生匡正、北京市農(nóng)林科學(xué)院趙永欣和鄧楊為共同第一作者。

同期，該合作團(tuán)隊(duì)在Briefings in Bioinformatics發(fā)表了題為“MicroRNA annotation in plants: current status and challenges”的綜述論文，總結(jié)了植物microRNA數(shù)據(jù)挖掘的最新進(jìn)展，并探討了機(jī)器學(xué)習(xí)在microRNA鑒定中的應(yīng)用。

上述研究工作得到國(guó)家自然科學(xué)基金、蛋白質(zhì)和植物基因研究國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、北大－清華生命科學(xué)聯(lián)合中心的經(jīng)費(fèi)支持。

來(lái)源：北京大學(xué)