隨著細胞重編程、基因編輯、合成生物學(xué)、高通量測序等技術(shù)的快速發(fā)展，再生生物學(xué)進入前所未有的蓬勃發(fā)展時期，助力解決組織替代、功能修復(fù)、衰老干預(yù)、疾病治療等一系列生命醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的重要科學(xué)難題。面對科學(xué)數(shù)據(jù)的爆炸式增長，亟需建立以再生生物學(xué)為核心的開放數(shù)據(jù)庫，以存儲世界范圍內(nèi)的組學(xué)研究數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，推動再生相關(guān)的基礎(chǔ)研究和臨床轉(zhuǎn)化應(yīng)用的不斷發(fā)展。

9月30日，中國科學(xué)院北京基因組研究所（國家生物信息中心）鮑一明研究組、張維綺研究組和中國科學(xué)院動物研究所劉光慧研究組、曲靜研究組合作，在Nucleic Acids Research 雜志發(fā)表論文，建立了再生生物學(xué)領(lǐng)域首個多組學(xué)數(shù)據(jù)庫Regeneration Roadmap。該數(shù)據(jù)庫從轉(zhuǎn)錄組、單細胞轉(zhuǎn)錄組、表觀基因組及藥物基因組等不同層面整合了再生相關(guān)數(shù)據(jù)集，涉及11個物種、36種組織類型，實現(xiàn)了不同條件下基因表達隨再生變化的匯聚融合，以及對不同層次組學(xué)數(shù)據(jù)的交互查詢和聯(lián)合比較分析。此外，數(shù)據(jù)庫收錄了基于已有文獻報道的再生相關(guān)基因集，使得用戶可以更加深入全面地了解特定基因或通路在再生生物學(xué)中的功能。

Regeneration Roadmap數(shù)據(jù)庫實現(xiàn)了對多物種再生相關(guān)的不同層次組學(xué)數(shù)據(jù)的收錄與整合。作為一個持續(xù)更新的國際化信息平臺，Regeneration Roadmap的建立為國內(nèi)外再生生物學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)的統(tǒng)一匯交、集中存儲、安全管理、開放共享以及前沿交叉研究和臨床轉(zhuǎn)化應(yīng)用提供了助力和支撐。該數(shù)據(jù)庫對用戶免費開放，相關(guān)運維團隊將對該數(shù)據(jù)庫進行定期維護與更新，不斷整合更多的再生相關(guān)數(shù)據(jù)資源、匯交多層次組學(xué)數(shù)據(jù)。此外，該團隊于2020年建立了Aging Atlas（AA）數(shù)據(jù)庫，收錄和整合了與衰老相關(guān)的不同層次多組學(xué)數(shù)據(jù)。目前Aging Atlas數(shù)據(jù)庫已服務(wù)來自全球25個國家的上萬名訪問者。Aging Atlas和Regeneration Roadmap數(shù)據(jù)庫將形成資源互補，共同推動衰老生物學(xué)和再生生物學(xué)的學(xué)科發(fā)展。

Regeneration Roadmap數(shù)據(jù)庫由中科院北京基因組所（國家生物信息中心）、中科院動物所、中科院干細胞與再生醫(yī)學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)中心、中科院干細胞與再生醫(yī)學(xué)創(chuàng)新研究院、北京干細胞與再生醫(yī)學(xué)研究院、首都醫(yī)科大學(xué)宣武醫(yī)院國家老年疾病臨床研究中心等機構(gòu)合作完成。該項目獲得科技部、國家自然科學(xué)基金委、中科院和北京市等項目的資助。

論文鏈接

Regeneration Roadmap數(shù)據(jù)庫

來源： 北京基因組研究所