定制+預(yù)測,科學(xué)家開發(fā)新型激酶譜虛擬篩選平臺
5月16日,中國科學(xué)院上海藥物研究所研究員鄭明月課題組利用結(jié)合圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的元學(xué)習(xí)技術(shù),搭建了支持用戶定制的激酶多靶點活性篩選人工智能(AI)平臺KinomeMETA,為藥物新型激酶靶點發(fā)現(xiàn)和藥物篩選提供有力工具。相關(guān)研究發(fā)表于《核酸研究》。
蛋白激酶的異常激活或過表達(dá)與多種疾病相關(guān),激酶靶向抑制劑是一類極具價值的治療藥物,有必要對激酶小分子探針的多重藥理學(xué)效應(yīng)進(jìn)行系統(tǒng)評估。因此,需要開發(fā)具有更廣泛應(yīng)用場景的AI算法,大規(guī)模篩選潛在的激酶靶點和多靶點選擇性激酶小分子探針。
研究人員基于前期研究,從超過61萬個激酶活性數(shù)據(jù)中學(xué)習(xí)不同激酶中活性化合物的作用模式,搭建了KinomeMETA平臺。平臺包含兩大核心模塊,其中“定制”模塊允許用戶使用私有數(shù)據(jù),構(gòu)建全新激酶模型或增強(qiáng)已有激酶模型的預(yù)測能力;“預(yù)測”模塊則可預(yù)測化合物對661個野生激酶及臨床相關(guān)激酶突變體的抑制活性概率。平臺還提供了化合物激酶選擇性分析、分子性質(zhì)評估及相似抑制劑鑒別功能,輔助研究人員開展進(jìn)一步研究。
此外,研究人員基于平臺的“定制”功能增強(qiáng)模型,篩選實驗室內(nèi)部的化合物,發(fā)現(xiàn)KinomeMETA平臺可通過少數(shù)活性化合物迅速增強(qiáng)預(yù)測能力。

KinomeMETA平臺構(gòu)建與使用流程概覽。圖片來源于《核酸研究》
相關(guān)論文信息:https://doi.org/10.1093/nar/gkae380
來源:中國科學(xué)院上海藥物研究所


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